EXPO2014 (Mac OSX版)を使ってみた (2014/11/08) 更新(2015/09/15)

EXPO2014.png
  • (2015/09/15) ver. 1.15.09が出たので試してみたが、ピーク検出のところがおかしくなっている。正常にピーク検出しないことがあり、そのため格子状数がおかしかったり、指数付けが異常に長くかかる。今回はMcMailleがMac用にコンパイルされており正常に動いたが(single CPU用)、DicvolはいまだWindows実行ファイルのまま。McMailleはEXPOに組み込まれている訳ではなく、外部の実行ファイルとして存在するので、高速化のために自家製並列版と入れ替えてみたが、エラーが出た。
  • (2015/06/22) Windows版を使ってみた。当然のことながらDicvol, McMailleは正常に動く。
  • 以下は2014年にリリースされた1.14.10版のこと。
  • EXPOは粉末回折データから結晶構造をab initioで決める総合ソフト。EXPO2014 (Mac OSX)版が出ていたので早速使ってみた。指数付け部分が主な変化だが、Macユーザーにはあまり恩恵はなさそう。

ダウンロード

  • こちらが本家のサイト。レジストレーションが必要。アカデミックユーザーはフリー。MacユーザーなのでMac版をダウンロード。Windows, Linux版も用意されている。私のOSはYosemiteであるが、Yosemite版は置いてないので1つ前のMavericks版をダウンロードした(ver. 1.14.10)。問題なく動いた。

試用

  • スタート画面が変わった(上図)。それとメニューがFinderから本体ウィンドウに移動しているが、それ以外に特に違いは感じられない。以前に使った入力ファイルで走らせてみても特に変わったところはない。しかし、ワークショップ時のpdfファイルを見ていたら、指数付けでこれまでのNTREOR以外にDICVOLとMcMailleが使えると書いてある。McMailleはLe Bail先生のグリッドサーチとモンテカルロ法を使った指数付けのプログラム。2014版は指数付け部分が充実したようだ。TREORとDICVOLは超定番ソフトであり、制御パラメーターがGUIから設定できるので、指数付けのためにだけでもEXPO2014を使う価値があるかも。
  • NTREORに変えてDICVOLを実際に使ってみようとしたところ、Mac版ではエラーが出てしまう。パッケージの中身(/Applications/Expo.app/Contents/MacOS/)を覗いてみると、Windows用実行ファイルが入っている。エラー内容を見るとWineの文字が出てくるので、Mac版ではWine(Windowsアプリケーションを動かす環境)を使うことを想定しているようだ(Liunx版もそうかもしれない)。マニュアルの内容は2013版のままなので、これらの新しい点についての記載なし。

Dicvol06, McMailleに関して(2014/12/29追記)

  • Dicvol06, McMailleを動かすために試しにWineを入れてみた。McMailleはmacmyと発音する。mailleはフランス語でcellの意味だとか。Mcは多分モンテカルロから来ているのだろう。Macのターミナル上でDicvolとMcMaille(Windows用のexeファイル)を実行させることができるようになったが、Expo2014から使うとdicvolの場合は以下のエラーが出る。
    * Error on executing command: (echo dicvol_inp;echo dicvol_out)| wine  *
    *          /Applications/Expo.app/Contents/MacOS/dicvol06.exe          *
    ターミナルから上記コマンドを実行させると、ちゃんと動くので何が問題なのかよくわからない。McMailleの場合、エラーは出ないが、解が見つからないと表示がでる(しかしターミナルから同じデータで実行すると解がちゃんと見つかる)。これでは使えない。
  • Macでどうしても指数付けでDICVOL, McMailleを使いたい場合は、その部分だけマニュアルでやってしまう手がある。.exp入力ファイルを作った後に、PatternメニューからIndexingでdicvol06またはMcMailleを選び、条件をGUIで設定する。そのままpeak refinementを実行すると、dicvol06の場合はdicvol_inp、McMailleの場合は、mcmaille.datという名前の入力ファイルが作成される。この入力ファイルを使ってターミナルからdicvol, McMailleを実行する。
    > wine /Applications/Expo.app/Contents/MacOS/dicvol06.exe
    > wine /Applications/Expo.app/Contents/MacOS/McMaille.exe mcmaille
    自分のMac内を検索したらMac用にコンパイルされたdicvol06自体が存在していた。これは以前FullprofのMac版に付いてきたもの。McMailleを使う場合は、こちらを最初に読んでおく。 dicvol06, McMailleの出力ファイルを見て、指数付けがうまくいっていれば、.expファイルを編集して、%ntreor行は削除。%dataに以下を追加。findspaceは空間群探索を指定、cellは格子常数を指定。contはセル内の原子数を指定する。
    findspace
    cell  5.980132  10.194180  4.753953  90.00000  90.00000  90.00000
    cont Mg 8 Si 4 O 16
    この.expファイルを使って再度Expoを実行させればよい。DICVOL,McMailleを使ったことがない方は入力ファイルを簡単に作る為だけでも、利用価値はあるかも。

その他

  • EXPO2014付属のmcmaille.exeはsingle processor用だが、Le Bail先生のサイトからはquad-core版の実行ファイル(Windows用)が手に入る。
  • McMailleのMac用実行ファイルはネット上にないが、ソース(Fortran)は手に入るので、それをコンパイルする方法をMac用McMailleに書いた。
  • プログラムをダウンロードするところで、マニュアルとワークショップ2014年開催の資料がダウンロードできる。マニュアルは2013と同じだが(DICVOLについて何も書いてない)、ワークショップ時の資料にはプレゼン用pdf、examplesやexercise用のファイルもあるので、EXPOの勉強に使えそう。
  • ついでにSir2014もダウンロードして使ってみた。こちらは単結晶用直接法のソフト。EXPOの直接法の部分はSirから来ているので、EXPOユーザーには取っ付き易く感じたので。GUIの感じや制御ファイルはほぼ同じ。Mac版を使ってみたが、refineの2度目を実行しようとすると必ずソフトが落ちるので最後までrefineを完了することができなかった。

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Last-modified: 2014-12-29 (月) 11:26:57 (1061d)