QE-GIPAW出力(NMR化学シフト)の処理

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  • Quantum EspressoのGIPAWコードを使ってNMR化学シフトやEFGが計算できる。普段それを利用して、化学シフトの予測計算を行っているが、席が数個だと出力からコピー&ペーストすれば済むが、最近は独立な席が数十個あるケースを計算しているので、化学シフト値を取り出すだけでもかなり大変。そこで、Pythonで簡単に化学シフト値のリストを取り出せるようにした。これは簡単な処理。
  • 実測スペクトルと比較する場合は、計算された化学シフト値にGaussian分布をかけて、スペクトルとして比較した方が分かりやすい。この部分の計算もPythonで書いてみた。csvファイルを出力する。計算時にFWHMを引数で指定できるようにした。これを使って、最近計算が終わったあるケイ酸塩3つの多形の29Si MAS NMRスペクトルを予測した結果をプロットしてみた。プロット自体はPlot2 Proを使っている。横軸は出力そのままで、標準物質による補正をまだしていない。青い線の多形は独立なSi席が実に80もある。これの計算は18 core & 64 GB RAMのIntel i9 Linux PC(私物)で行ったが、pw+gipawで2週間かかった。これらの計算は多分初。
  • 赤い多形は既に実測の報告があって、それと大体一致する。一方、緑の多形は実測が2つ報告あって、それらがなぜか一致していない。今回の計算は片方のグループの結果と大体一致するので、そちらの測定の方が正しいと思われる。合わない方は明らかに赤い多形の成分が見える。青の多形ついてはどうも実測自体がなされていないようだ。兎に角、こちらでもそれらを測定してみる予定。
    tridymite-29Si-NMR.png

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Last-modified: 2020-08-20 (木) 17:30:11 (97d)