Mac (OS10.7)のQuantum-ESPRESS(pwscf)のアップデート 2012/03/03

  • Macbook Pro及び Macbook Airでのアップデート
  • QEを4.2.1から4.3.2へアップデートする
  • まずXcodeのアップデートから。
    • 現在はApp StoreからもXcodeはインストールできるので、今回はApp Storeを使う(無料)。現在version 4.3である。インストール後、1つ作業が必要。Xcodeを起動して、環境設定のダウンロードのところから、Command Line Toolsをインストールする。
    • パスワード忘れている。一度option keyを押しながら起動して、リカバリーディスクから起動し、terminalを開いて、resetpasswordとタイプする。すると新しいパスワードを設定できる。Macは通常使うGUIのログインとterminalのパスワードが違うので、使わないと忘れてしまう。
  • Macportsを新規インストールする。
    • http://www.macports.org/install.phpからLion用のパッケージをダウンロード。普通のアプリケーションのようにGUIでインストールする。http://guide.macports.org/にインストールの手順が書いてある。
    • とりえあずmacportsのupdate
      > sudo port selfupdate
      openmpiのインストール。
       > sudo port install openmpi
      しかし次行のwarningが出ていて、インストールがうまくいかない。
      Warning: xcodebuild exists but failed to execute
      色々試すと、sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.appを実行しろと出てきたので、それを実行。するとxcodebuildのwarningは消えた。openmpiのインストールを再度実行。openmpiは前回と同じくgcc4.4を使っているので、gcc44をビルドしている。openmpiをビルドして終わるが、時間がかかる。
  • Quantum-Espressoのインストール
    • http://www.quantum-espresso.orgから4.3.2をダウンロード。4.3からGPU版が出ていることに気づいた。暇があれば遊んでみたいところだが...展開するとGIPAWがないことに気づいた。調べるとGIPAWは独立して、http://qe-forge.org/projects/qe-gipaw/にあったので、こちらも4.3.2をダウンロード。
    • 以前のとおり、QEのディレクトリーでconfigureを実行する。
      >./configure MPIF90=openmpif90 CC=gcc-mp-4.4 CPP=cpp-mp-4.4 CXX=g++-mp-4.4 F77=gfortran-mp-4.4 FC=gfortran-mp-4.4 --with-internal-blas --with-internal-lapack
    • configureでは特に問題なし。必要ならPATHを設定する。
    • make allする。4.3.2ではエラーなし。なお4.3ではエラーが出た。sum_band.f90のせい。4.3.2のソースと比べて直すとエラーはなくなった。pw.xでテスト計算をして問題なし。
      openmpirun -np 2 bin/pw.x < test.in > test.out &
  • GIPAWのビルド
    • GIPAWをconfigureする。READMEを読むとconfigureのオプションでQEのソースのディレクトリーを教えてやる必要がある。上記のconfigureではダメで、--with-qe-source=xxxで指定する。また、--with-internal-blas --with-internal-lapackも外す。まだmake.depend関係で怒られているが、エラーではなさそう。
    • GIPAWのディレクトリーでmakeする。ここでopenmpif90に-warn unusedオプションがないとエラーが出る。仕方ないのでsrc/Makefileを直接編集してそのオプションを外す。これでmakeを実行すると、gipaw.xができた。
    • gipaw.xをテストする。なぜかgipaw.xがQEのbinにエイリアスが作られてないので、作る。GIPAWのtestsディレクトリーにあるquartz-scf.inを環境に合わせて少し直し、走らえてみるが(pw.x)、pseudopotential読み込みのところでエラーがでる。この入力ファイルで使っている酸素のpseudopotentialに問題があるようで、別のpseudopotentialにしたら走った。gipaw.xでnmr, efgを計算してみるが、一応問題はなさそう。

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Last-modified: 2018-01-15 (月) 10:56:03 (402d)