RODへのデポジット

RODへのラマンスペクトルのデポジット方法 (2019/06/17作成) (2019/10/14更新) †

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RODについて †

  • COD(Crystal Open Database)と同じ感じで、ラマンスペクトルのオープンデータベース(ROD)ができた。RODについて紹介したオープンアクセス論文が最近出ている。結晶構造を記載するために使われるcifをこちらでも使っている。私はラマン分光法もやっているので、スペクトルをデポジットしたいと思い、デポジットに挑戦した。結晶構造自体も含めることができたり、対応するCODの番号を入れることもできる。
  • (20191121) 今書いている論文に、RODにラマンスペクトルをデポジットする予定と書くことにした。
  • (20191120) 今日サイトを見てみたが、10月15日の私のデポジットが最新になっている。
  • (20191015) 6月からデータ数が増えてない。外部からデポジットしているのは私だけ？出版済みの論文から15つデポジットした。そのうちいくつかは同時に構造解析もしているので、CODの情報を入れる。そうするとRODで検索した時に構造情報も出てくる。下図はその例。検索した時の一覧に相の情報が出てこないので、論文題名の最後のところに相の名前を追加した。一覧には論文題名は出てくるので。１つの論文で複数相を調べている時には、検索結果一覧からは判断つかないので困る。COD同様、自分でデポジットしたデータは直すことができる。構造データは他人の論文から採ってCODへデポジットできるが、ラマンスペクトルはそういう訳にはいかない。また、出版していないものをデポジットすることもできない(preprintなら可能）。
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RODのデポジット †

  • デポジットするためにはまずaccountを作成する必要がある。私はここで躓いた。設定したはずのaccountでログインができない、パスワードを再設定するメールを送ってもらうこともできない状態に陥った。仕方ないので、それとは別のaccountを作った。こちらはうまくいった。うまく行った場合は、メールが送られてくる。確かに最初のaccountの時はメールが来なかったので、何か問題があったのだろう。
  • 私はローパー社のWinSpec32をラマンスペクトル取得に使っている。WinSpec32はデフォルトでは測定データをSPEフォーマットで出力するが、これはバイナリーなので使いづらい。fitykはSPEフォーマットを読んでくれるが、Plot2はダメ。WinSpec32には測定データをASCIIフォーマットに変換するツールがあるので、普段は測定後にASCIIファイルへ変換している。このファイルを読み込んで、デポジットするRODフォーマットに変換するスクリプトをPythonで作成した。このスクリプトにはラマンデータ以外の部分をテンプレートとして作成する機能もつけた。これは既にデポジットされているRODファイルを参考に作っているので、いくらか足りないものがあるようだ。もちろん、こうして作成したRODファイルに論文情報や測定条件を追記する必要がある。
  • このスクリプトで作成したRODファイルをデポジットしてみた。最初はエラーや警告がいくつも出てきたが、それらをRODサイトで直接editして直して、なんとかデポジットできた。デポジットしたものをダウンロードして、それを見ながら、スクリプトを修正を加えた。タグについては、値が決まったものしか入れられないものがあり、それらについてはwikiを参照する必要がある。レーザーの種類には半導体レーザーがないので、otherとするしかなかった。いくつかの項目で自由記述が可能であるので、そこに詳しいことを書くことができるようにはなっている。もう一度フォーマットをチェックして、足りないものがないかチェックする。周波数校正方法に関する記載を入れてないのに気づいたので、後で追加しておく。
  • 私がデポジットしたものをRODサイト上で見たものを下に示す。この場合には結晶構造情報も入っているので、スペクトルだけでなく構造も出てくる。Jmolの表示は無機構造にはあまり役には立たないが。また、構造データへのリンクもある。
    ROD_example.png
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RODのラマン部分のcifの定義(wikiからまとめておいた） †

  • 全部必要な訳ではありません。単位があるものは数字だけを入れる。/で区切られているものは、入力値が固定されているので、適当に入力すると怒られる。対応するものがないときはotherを選ぶ。測定時間は数字でないとダメ。60sで3回測定した場合は、180とする。60x3としたらエラーになる。
  • 決まった値や数字はそのままでいいが、それ以外は''で囲む。ない場合でもデポジット時に警告が出て、自動で直してはくれるが。
  • ラマンデータの部分は実際には以下のようになる（スペクトルデータは最初だけを示している）。普通一番最後に置かれている。 
    loop_
_raman_spectrum.raman_shift
_raman_spectrum.intensity
-47.971 53574
-46.709 55651
-45.446 57552
.....
  • free descriptionのところは以下のような感じになる。 
    _raman_measurement.environment_details
;
 The sample was measured in air.
;
  • 使った校正のところにある1,4_bis_(2-methylstyryl)_benzeneは、','があるとこのwikiでは欄の区切りの印になるので、1_4_bis_(2-methylstyryl)_benzeneと書いている。実際には正しく入れる必要がある。
    _raman_determination.methodexperimental/theoretical
    _raman_complementary.ida unique key for a looped list
    _raman_complementary.methodXRD/EDX/XRF/SIMS/FTIR/NIR/Mossbauer/chemical_analysis/other
    _raman_complementary.method_detailsfree description
    _raman_prediction.ida unique key for a looped list
    _raman_prediction.methodDFT/DFPT/other
    _raman_prediction.method_detailsfree description
    _raman_prediction.active_bandsparsable expression of predicted active bands
    _raman_prediction.mode_countnumber of predicted active modes
    _raman_spectrum.raman_shiftこれは実際には_loopの中に記述される。単位はcm-1
    _raman_spectrum.intensityこれも実際には_loopの中に記述される。上とペアで。単位はarbitrary_units
    _raman_spectrum.raw_intensityrawデータを登録する場合。
    _raman_spectrum.intensity_backgroundbackgroundデータを登録する場合。
    _raman_spectrum.intensity_baselinebaseline correction値を登録する場合。
    _raman_measurement.environmentair/reducing_conditions/other
    _raman_measurement.environment_detailsfree description
    _raman_measurement.datetime_initiatedRFC3339またはYYYY-MM-DD形式
    _raman_measurement.datetime_terminatedRFC3339またはYYYY-MM-DD形式
    _raman_measurement.pressure単位はkPa (常圧は100)
    _raman_measurement.temperature単位はK
    _raman_measurement.background_subtractionno/yes
    _raman_measurement.background_subtraction_detailsfree description
    _raman_measurement.baseline_correctionno/yes
    _raman_measurement.baseline_correction_detailsfree description
    _raman_measurement.integration_time単位は秒
    _raman_measurement.range_minスペクトルの最初のシフト
    _raman_measurement.range_maxスペクトルの最後のシフト
    _raman_measurement_device.location測定した場所
    _raman_measurement_device.companyfree format
    _raman_measurement_device.modelfree format
    _raman_measurement_device.serial_numberfree format
    _raman_measurement_device.detailsfree description
    _raman_measurement_device.excitation_laser_typeargon-krypton/argon/krypton/helium-neon/xenon/nitrogen/excimer/helium-cadmium/helium-mercury/helium-selenium/helium-silver/strontium_vapor/gold_vapor/manganese/ruby/titanium-sapphire/cerium/chromium/other
    _raman_measurement_device.excitation_laser_type_detailsfree description
    _raman_measurement_device.excitation_laser_wavelength単位はnm
    _raman_measurement_device.resolution単位はcm-1
    _raman_measurement_device.configurationsimple/triple/other
    _raman_measurement_device.configuration_detailsfree description
    _raman_measurement_device.power_on_sample単位はmW
    _raman_measurement_device.direction_polarizationunoriented/Z(XX)Z/Z(YY)Z/Z(XY)Z/Z(YX)Z/X(ZZ)X/X(YY)X/X(ZY)X/X(YZ)X/Y(XX)Y/Y(ZZ)Y/Y(XZ)Y/Y(ZX)Y
    _raman_measurement_device.spot_size単位はmm
    _raman_measurement_device.diffraction_grating単位は刻線数/mm
    _raman_measurement_device.optics_typemicroscope/optical_fiber/none/other
    _raman_measurement_device.optics_type_detailsfree description
    _raman_measurement_device.microscope_systemFT/other
    _raman_measurement_device.microscope_system_detailsfree description
    _raman_measurement_device.microscope_objective_magnification単位なし
    _raman_measurement_device.microscope_numerical_aperture単位はなし
    _raman_measurement_device_calibration.ida unique key
    _raman_measurement_device_calibration.standardsilicon_wafer/diamond/1_4_bis_(2-methylstyryl)_benzene/calcite/4-acetamidophenol/benzonitrile/cyclohexane/polystyrene/indene/neon_lamp/carbon_tertrachloride/other
    _raman_measurement_device_calibration.standard_detailsfree description
Last-modified: 2020-12-06 (日) 21:02:05