Wien2k_5インストールメモ 2005/07/07

前準備

  • ES45にインストールする.Wien2k自体はf90とcc/gcc(cは時間取得などのため)が必要.C-shellのスクリプトを多用するのでUNIXベースでないといけない.w2webではPerl 5以上.ghostscript (with jpeg support), gnuplot (png support)が必要である.
  • Wien2kインストール前に必要なGnuplot, Ghostscriptをインストールした(別項参照).なぜかMac OS XからはX WindowでGnuplot等の動作は確認できなかった.ES45からのXの通信をMac OS X側がセキュリティの関係で拒否しているようだ.しかしLinuxからはgnuplotの動作が確認できたのでそれらのインストール自体は大丈夫.

Wien2Kのコンパイル

  • これもサイトライセンス制限があるので,グループ管理をする.
  • wien2k_05.tar.gzをES45へupload. gunzip展開,さらに個々のソースのtgzのファイルがある.gunzip *.gzで個々を解凍した後は専用のスクリプトexpand_lapwがあるので,これを使って展開する.ここでは現在のワーキングディレクトリPWDが設定されていることが仮定されているようであるが,そうではなかったのでスクリプトが途中で止まる.コマンドラインからsetenv PWD ...としてやって,もう一度スクリプトを動かすと今度は最後まで到達.同様にwienを置く場所WIENROOTも必要なので,.cshrcにsetenv WIENROOT ...を書く.
  • ./siteconfig_lapwを動かす.ES45は旧DECのマシンなのでDECを選ぶのがいいようだ.HPではf77とか変なコンパイラ指定になっている.
  • 適切に設定して,コンパイルを始める.終了.
  • compile.msgを見る.warningがあるが致命的なエラーはないようだ.また汎用なスクリプトを使っているためか,本来そこでは必要ないコンパイル指令とかmake cleanによるエラーメッセージがあるが,問題はないようだ.特にSRC_lapw0のcomplexがmake出来ないとのメッセージ.

w2webの設定

  • w2webはWien97の時のX Windowベースの管理ソフトと違って,Wien2Kではwebから計算の設定,投入,結果の表示ができるようになっている.普通のwebサーバーを使うのではなく,perlで書かれた専用のサーバーを専用ポートで使う.
  • 最初の設定のために./w2webを動かすが,hostnameのところでつまずく.hostnameの取得で問題になっているようだ.SRC_w2web/w2webを見ると,`hostname -f`でhostnameを取得しているが.ES45では-fオプションはなく,エラーになる.Mac OS Xも同じ.Linuxではエラーにならないが,manで-fオプションは出てない.-sが短い名前を返すので,-fは多分長い方を返すのであろう.hostnameのオプションなしは長い名前を返すので,スクリプトから-fを取り除く.
  • hostnameは解決したように見えたが,最後のところでまた止まる.同じくhostnameの問題.SRC_w2web/w2webを詳しく見るとhostname -f自体はないが,最後の方でSRC_w2web/bin/w2webを起動している.エラーはこちらから出ている.この同名のw2webの方の`hostname -f`で-fオプションを外す必要がある.
  • 再度$WIENROOT/w2webを動かすと,&verb(http://hostname:xxxx)をブラウザーから見るように指示が出る.Safariで見ると,ちゃんと見えた.w2webは正常に動いている.ログインするにはパスワード必要.

最初の計算

  • SafariからES45に接続してログイン.TiCの計算をとりあえず行う.最初の計算でおかしい部分がある.パスが通っていないらしい..cshrcで設定.
  • 次にscfのlapw1でエラーがでる.TiC.vectorが書き込めないようだ.しかしマニュアルで直接x lapw1を実行すると問題なし.これは結局.vectorは$SCRATCHに書き込まれるがそれが定義されていないためのようだ.スクラッチ領域が必要なので,/var/wienscrに設定.setenv SCRATCH /var/wienscrを.cshrcに追加.これでscf問題なく収束.一応Wienの本体部分は大丈夫なようだ.
  • 画像がちゃんと出るかどうか確かめるためにdos plotを行ってみる.画像がgnuplotを使って,pngとしてブラウザーに表示されるはずだが出てこない.これもパスの問題らしい.gnuplot, ghostscriptは/usr/local/binにインストールしているので,そこへのパスを設定する.今度はちゃんとdosが表示された.
  • 大体OKなようだ.

メモ

  • マニュアルのインストールを読み直して,上のいくつかのトラブルはuserconfig_lapwを実行してなかったことが原因であることが分かった.WIENROOT, EDITOR, SCRATCHなどがここで.cshrcに入る.またaliasで以下が定義される.これらは覚えておくと便利.
    alias lsi 'ls -aslp *.in*'
    alias lso 'ls -aslp *.ou*'
    alias lsd 'ls -aslp *.def'
    alias lsc 'ls -aslp *.cl*'
    alias lss 'ls -aslp *.sc*'
    alias lse 'ls -aslp *.error'
    alias pslapw 'ps -ef |grep "lapw"'
  • コンパイルオプションとしてMac G4 + Absoft f90が用意してあるので,Mac OS XでもAbsoftのf90コンパイラがあればWien2Kは使えるようだ.
  • usersguideがw2webから読めない.w2webのhtdocsの中のusersguide/をアクセスするが,これは実体はSRC_usersguide_htmlへのリンクである.リンクであるから拒否されるようだ.リンクではなく実際にhtdocs内にdirectoryを作ってコピーすると読めるようになった.

  • 計算メモ(神崎)

テスト計算

  • ベンチマークをやってみる.Wien2kサイトにあるベンチマーク用のファイルをダウンロード.そのままでは動かず.ファイル名変更で動く.x lapw1 -cで実行.時間を見る.473.83秒.ほぼ同じAlphaの結果と比べて妥当.コンパイラオプション全くいじってないのでこんなところか.ベンチマークでは最速はItanium2で約3倍速い.
  • 不思議なことにStructgenの菱面体晶系結晶データの入力は格子定数は六方晶系のものを,座標は菱面体晶系ものを入れないといけない.全て菱面体晶系で打ち込んだり,六方晶系で打ち込んでも,どちらでもうまくいかず悩んだ.確かに座標入力のところには菱面体晶系で入れろと書いてあるが,格子定数のところでは何も書いてないので.なお菱面体晶系の座標を六方晶系の座標に変換するにはhex2rhombを使えばよい.これをコマンドラインから実行させる.
  • さらに不思議だが体心立方の場合,Structgenで1/2,1/2,1/2シフトした分は表示されないようだ(もちろん入力する必要もない).これもしばらく悩む.後のinitial calcの部分で体心になっていることを確認.No.46の場合はx sgroupを無視した方がよかった.Yesだと変に変換される.
  • 時々計算で使っている元素数が基本セルより大きくなっていることがある.理由不明.計算結果は正しい.

Hを含む計算の対策(デフォルトで計算するとエラーがでることが多い)

  • Gmaxを大きくする.16-24.特にcase.ouputdでgmax>gminであることをチェック.なおsaveを押さないと変更が反映されないので注意.
  • RKはデフォルトより小さくしないといけない.
  • 大きい陽イオンのマフィンティン半径(Rmt)とHのRmtとの比を3以下に押さえるように陽イオンのRmtを調整する.
  • case.in1のlmaxを12にする.


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Last-modified: 2018-01-15 (月) 10:56:15 (638d)