SDPD のバックアップ(No.2)

粉末X線回折データから構造解析する方法についてのメモ（書きかけ）SDPDとはstructure determination by powder diffractometryのこと．

Foxのメモ (Foxは実空間のモンテカルロ法によって初期構造を求めるプログラムです) †

Foxは初期構造を求めるためのプログラムです．Sourceforgeからプログラムをダウンロード可能です．Mac用はユニバーサルバイナリーになってます．Windows, Linux用もあります．
結晶構造，回折パターン等全てがオブジェクト化されてます．そこがFoxの特徴です．ユーザーは気にする必要はないと思いますが．
多面体等を入力できるのでケイ酸塩の構造解析には最適です．我々の場合，NMR装置があるので，そちらから配位多面体の情報が直ちに得られます．その情報をうまく活かすことができます．
indexingも可能です．Dicvolを使っているそうです．ただ必ずしもうまく見つけてくれません．treorとか別のプログラムで確認した方がいいでしょう．
Le Bail法によるパターンフィッテングが可能です．今のところpseudo-voigtのみ使えます。ただLe Bailの結果を直接出力できないようです．
空間群の推定ができます．これは可能な空間群についてLe Bail法を使ってRwp, GoFを計算しているようです．GoFの小さい順で候補が表示される．対称性にもよるが，これには時間がかかります．
(Macの場合ですが）Limitの入力の仕方が分かりづらい．マニュアル(foxwiki)には文字のところで右クリックすると書いてあるのだがそれではダメ．値を入力するボックスの境界上で右マウスボタンをクリックするとlimit入力のダイアログが出てくる．ボックスの中を右クリックしてもダメ．
よい粉末回折データがあれば，Foxだけでindexing, 空間群推定，Le Bail法による格子常数やプロファイルパラメーターの最適化，フーリエ合成，そして本命の構造をモンテカルロ法で決めることまでできます．ただ最終的な精密化には別にRietveld法プログラムを使う必要があります．
MacでFoxを使っているとしばしば異常終了する時があります．そのためデータはこまめにセーブする必要があります．
粉末回折データの入力フォーマットに関する情報がありません．Fullprofのフォーマット等いくつかは用意されてます．ExampleはFullprofのフォーマットです．手持ちのデータ(マックサイエンスでとった）をFullprofのフォーマットに変換して試してます．

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Superflip (Charge flipping法） †

Superflip用対称性データ