QE6.5_to_Fedora32 をテンプレートにして作成

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RIGHT:&ref(http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/imag... *Quantum-Espresso 6.5のLinux Fedora32へのインストール(202... #contents ---- -Quantum-Espresso(QE)は、擬ポテンシャル(PAWも使える）と平... -インストールしたPCはi5 8500 (6 core)、メモリは8 GB、M.2... -(20200814)その後、i9, Theadripper PCにもインストールした... **Fedora32へのアップデート [#g455ee37] -既にFedora31をインストールしているので、ソフトウエアのア... **gccのインストール [#qcaa4b0c] -まずはgccのインストールをする。https://gcc.gnu.org/から... > ./contrib/download_prerequisites これで不足分のソフトをインストールしてくれるが、クリーン... > sudo dnf install gcc-c++ クリーンインストールの場合、そもそもmakeがないはずなので... > sudo dnf install make > ./configure --disable-multilib とする。OSが64bit用なので、--disable-multilibをつけている... > make > sudo make install これでgccをインストールできた。なお、makeにはかなり時間が... **openmpiのインストール [#ka3c6561] -www.open-mpi.orgからソースをダウンロード(今回最新版はver... > ./configure ―prefix=/usr/local/openmpi > make > sudo make install コンパイル後、PATHに/usr/local/openmpi/binを、LD_LIBRARY_... > echo $PATH > echo $LD_LIBRARY_PATH で設定されている内容を確認しておくこと。この状態でもQEを... **MKL(Intelのmath kernel library)のインストール [#p6f640dd] -BLAS, LAPACK, FFTWのライブラリーはQEにも用意されているが... > ./install.sh -aptでインストールもできるようで、Qittaに記事があった。ま... -以前は/opt/intelにデフォルトでインストールされていたはず... -fftwについてはなぜか別途コンパイルする必要があるようなの... > make libintel64 compiler=gnu でいいようだ。できたlibfftw3xf_gnu.aを/home/masami/intel/... **QEのインストールの前にすること [#d5f03669] -gcc10.2では型を厳密に調べるようになったせいで、このままQ... > export FCFLAGS="-w -fallow-argument-mismatch -O2" > export FFLAGS="-w -fallow-argument-mismatch -O2" **QE-6.5のインストール [#j908fbce] -ソースはhttps://github.com/QEF/q-e/releasesからダウンロ... -私はtar.gz版をホームディレクトリー(/home/masami)にダウン... > ./configure 出力の最後の方を見て、ライブラリーなどにMKLが正しく指定さ... > ./configure LAPACK_LIBS="/home/masami/intel/mkl/lib/in... 続き FFT_LIBS="/home/masami/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_... とライブラリーを指定してやる。これはmake.incの対応すると... -私の場合はここで、includeのパスがおかしいwarningが出てい... -なお、この辺りで色々とトラブった場合には、一度make clean... -私の場合は、型の問題のエラーもあったので、途中色々と調べ... -最後に最近使ったpentadiamondの入力ファイルを使って、6 co... -確かに入力ファイルにrVV10を指定するだけで計算ができた。... **QE-GIPAW 6.5のインストール（20200729追加） [#eb022f04] -ソースはhttps://github.com/dceresoli/qe-gipawからダウン... > ./configure --with-qe-source=.. 他の場所にある場合は、最後の部分を変更する。これでエラー... -なおgipaw計算ではPAWポテンシャルを使う必要がある(実際に... -最近のバージョンでは、GIPAWをQEのディレクトリに入れてお... *追記(2021/03/18) QE-6.6 and QE-6.7.0のインストール (to F... -上記の方法と大体のところ同じだが、make allの時にFFTLibに... *追記(2021/03/18) AMD CPUに関して -最新のユーザーガイドには、AMD CPUを使う場合のいくつかの... export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5 RYZEN Threadripperで試してみると、確かに2~3割速くなった。... -MKLのFFTWとAMD CPUと起こる問題が次の環境変数で防げるそう... export MKL_CBWR=AUTO -AMDもライブラリーを提供しているが、QEではあまりうまくい...

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RIGHT:&ref(http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/imag... *Quantum-Espresso 6.5のLinux Fedora32へのインストール(202... #contents ---- -Quantum-Espresso(QE)は、擬ポテンシャル(PAWも使える）と平... -インストールしたPCはi5 8500 (6 core)、メモリは8 GB、M.2... -(20200814)その後、i9, Theadripper PCにもインストールした... **Fedora32へのアップデート [#g455ee37] -既にFedora31をインストールしているので、ソフトウエアのア... **gccのインストール [#qcaa4b0c] -まずはgccのインストールをする。https://gcc.gnu.org/から... > ./contrib/download_prerequisites これで不足分のソフトをインストールしてくれるが、クリーン... > sudo dnf install gcc-c++ クリーンインストールの場合、そもそもmakeがないはずなので... > sudo dnf install make > ./configure --disable-multilib とする。OSが64bit用なので、--disable-multilibをつけている... > make > sudo make install これでgccをインストールできた。なお、makeにはかなり時間が... **openmpiのインストール [#ka3c6561] -www.open-mpi.orgからソースをダウンロード(今回最新版はver... > ./configure ―prefix=/usr/local/openmpi > make > sudo make install コンパイル後、PATHに/usr/local/openmpi/binを、LD_LIBRARY_... > echo $PATH > echo $LD_LIBRARY_PATH で設定されている内容を確認しておくこと。この状態でもQEを... **MKL(Intelのmath kernel library)のインストール [#p6f640dd] -BLAS, LAPACK, FFTWのライブラリーはQEにも用意されているが... > ./install.sh -aptでインストールもできるようで、Qittaに記事があった。ま... -以前は/opt/intelにデフォルトでインストールされていたはず... -fftwについてはなぜか別途コンパイルする必要があるようなの... > make libintel64 compiler=gnu でいいようだ。できたlibfftw3xf_gnu.aを/home/masami/intel/... **QEのインストールの前にすること [#d5f03669] -gcc10.2では型を厳密に調べるようになったせいで、このままQ... > export FCFLAGS="-w -fallow-argument-mismatch -O2" > export FFLAGS="-w -fallow-argument-mismatch -O2" **QE-6.5のインストール [#j908fbce] -ソースはhttps://github.com/QEF/q-e/releasesからダウンロ... -私はtar.gz版をホームディレクトリー(/home/masami)にダウン... > ./configure 出力の最後の方を見て、ライブラリーなどにMKLが正しく指定さ... > ./configure LAPACK_LIBS="/home/masami/intel/mkl/lib/in... 続き FFT_LIBS="/home/masami/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_... とライブラリーを指定してやる。これはmake.incの対応すると... -私の場合はここで、includeのパスがおかしいwarningが出てい... -なお、この辺りで色々とトラブった場合には、一度make clean... -私の場合は、型の問題のエラーもあったので、途中色々と調べ... -最後に最近使ったpentadiamondの入力ファイルを使って、6 co... -確かに入力ファイルにrVV10を指定するだけで計算ができた。... **QE-GIPAW 6.5のインストール（20200729追加） [#eb022f04] -ソースはhttps://github.com/dceresoli/qe-gipawからダウン... > ./configure --with-qe-source=.. 他の場所にある場合は、最後の部分を変更する。これでエラー... -なおgipaw計算ではPAWポテンシャルを使う必要がある(実際に... -最近のバージョンでは、GIPAWをQEのディレクトリに入れてお... *追記(2021/03/18) QE-6.6 and QE-6.7.0のインストール (to F... -上記の方法と大体のところ同じだが、make allの時にFFTLibに... *追記(2021/03/18) AMD CPUに関して -最新のユーザーガイドには、AMD CPUを使う場合のいくつかの... export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5 RYZEN Threadripperで試してみると、確かに2~3割速くなった。... -MKLのFFTWとAMD CPUと起こる問題が次の環境変数で防げるそう... export MKL_CBWR=AUTO -AMDもライブラリーを提供しているが、QEではあまりうまくい...

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