Superflip用対称性データ の変更点


#author("2020-12-07T06:18:18+09:00","default:masami","masami")
-ここで言及しているSuperflipはX線構造解析の初期構造決定で最近話題のcharge flipping法を使ったプログラムの1つです.
-追記:
--2013/11/24: FoxのxmlファイルからSuperflip用の入力ファイルを作るPythonコードを作成しました。こちら([[Superflip_plus_Fox]])をご覧下さい。ここの対称性データも使ってますので、このファイルが必要です。Foxの出力ファイルに対応するため、このデータも空間群名称の追加をしてます。また、軸を取り替えた空間群のcenters部分が正しくなかったのに気づいたので、訂正してます。もし以前ダウンロードした方は再度ダウンロードしてください。
-Superflipで遊んでいたのですが,空間群によっては入力データ中の対称操作部分を書くのが面倒です.Superflipの計算自体は単結晶の場合はP1でもいいのでしょうが、粉末データの場合は強度の抽出時に空間群を決めて行う必要がありますので、Superflipでもその空間群を使うべきでしょう。マニュアルによるとCCP4(CCP14?)から何か取ってくれば空間群の番号で指定できるようですが...いちいちInternational Tablesを見てここを書くのは面倒なので,全空間群についての対称操作をSuperflipで要求される形式で出力させました(一番下のリンク).ちょうど以前同じような目的で作ったmxdortoのxtaldataに必要な対称操作部分を作るプログラムがあったので,それをちょっと書き換えて見ました.ただし計算で実際に使ったいくつかの空間群でしかチェックしてません.問題があれば連絡ください.また標準ではない(しかしTableに記載されている)軸と原点のセッティングも含まれてます。それ以外の場合は(Foxの解析ではよく生じます)、標準のセッティングで格子常数と強度または振幅データのhklをそれに応じて入れ替えてご使用ください.Foxを使っている場合は、標準のセッティングに直して、Le Bail fittingをやり直してください。
--同じ空間群でいくつかあるのは軸の取り方と原点の取り方が等が違うためです.順番はInternational Tables Vol.A 通りです.
-使い方:使う空間群のsymmetry - endcentersまでをSuperflipの入力データにコピー&ペーストする.
-内容の例(P42/mnmの場合)rutile(TiO2)がこの空間群.
 symmetry    # P42/mnm    No. 136
   x1  x2  x3
   -x1  -x2  -x3
   -x1  -x2  x3
   x1  x2  -x3
   -x2+1/2  x1+1/2  x3+1/2
   x2+1/2  -x1+1/2  -x3+1/2
   x2+1/2  -x1+1/2  x3+1/2
   -x2+1/2  x1+1/2  -x3+1/2
   -x1+1/2  x2+1/2  -x3+1/2
   x1+1/2  -x2+1/2  x3+1/2
   x1+1/2  -x2+1/2  -x3+1/2
   -x1+1/2  x2+1/2  x3+1/2
   x2  x1  -x3
   -x2  -x1  x3
   -x2  -x1  -x3
   x2  x1  x3
 endsymmetry
 centers
   0.0  0.0  0.0
 endcenters
-[[対称操作リスト:http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/sflip-symmetry.txt]] 右クリックして保存してください(テキストファイル,改行はDOS形式).
-なおSuperflipで得た電子分布から原子位置を求めるEDMAというプログラムがありますが,そちらの対称操作部分の入力でも同じデータを使えます.なおVESTAにも電子密度分布から原子位置を求める機能があります。